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靶标预测方法主要包括数据挖掘、知识发现工具应用、化合物-蛋白质相互作用网络构建、药效团模型匹配、正反分子对接技术、药物-靶标相似性算法等。近来有读者留言，希望利刃君介绍一下小分子靶标预测的方法，这里利刃君就为大家推荐几款比较常用的靶标预测的网站工具 swisstargetprediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标使用方法 ①打开网站主页 ②在select a species处选择物种，默认选择人 ③上传需要预测靶标的分子结构，可以以smiles代码或在右侧窗口中画出结构当然也支持从文件中直接导入结构，如.sdf、.mol格式等 ④点击predict targets进行靶标预测，预测完成后，结果中对靶标类型进行了分类，可以直接保存成pdf格式，或导出至excel进行筛选等操作预测结果按照可能性probability进行了排序，给出了靶标名称、uniprot id、chembl id等信息，方便我们联合其他数据库详细了解该靶标 superpred数据库是从supertarget、chembl和bindingdb中提取化合物-靶标相互作用数据而构建的，并且去掉了其中一些结合较弱（比如ki、ic50值大于10μm）的化合物-蛋白相互作用，该数据库包含了约341000个化合物、1800个靶标和665000个化合物-靶标相互作用。使用方法也同样简单，superpred采取ecfp分子指纹计算结构相似性，支持化合物名称，smiles以及用户自定义结构的查询网站主页以上就是利刃君为大家分享的六个可用于靶标预测的网站，当然还有其他的网站可用如drugcipheｒ batman-tcm等，也有dｒaｒ-cpi、idtarget、htdocking等反向分子对接服务器.

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